Mischievous Kiss raconte l'histoire d'une jeune fille très maladroite qui se nomme Ha Ni qui malgré quelques difficultés scolaires est tombée amoureuse du garçon le plus populaire auprès de la gente féminine et qui possède un QI d'environ 200!

Ha Ni idolâtre le jeune homme pendant un bon bout de temps jusqu'à ce qu'elle découvre qu'il se trouve être hautain, froid et distant. Le garçon en question se nomme Sung Jo et n'hésite pas à prendre un air supérieur face à la jeune fille en refusant toutes les tentatives d'approche de celle-ci, Ha Ni s'attire alors les moqueries des ses autres camarades.

Un soir, un tremblement de terre détruit la maison de la jeune fille. Son père contraint face à cette situation décide que tout deux vivront chez un ami à lui. Cependant, cet ami n'est autre que le père de Sung Jo ! Forcés de vivre en cohabitation, les deux jeunes lycéens vont devoir se supporter et apprendre à vivre sous le même toit.